直腸炎的治療方法可以通過口服藥物，但是在臨床上更多主要採用局部給藥。局部給藥因為藥物能夠直達病所，且直腸位於人體的下部。另外直腸給藥還可以避過肝臟效應，不至於對肝臟造成比較大的損害，一般來講可以採用局部給藥。局部給藥有兩種基本的藥物劑型：
1、栓劑治療：如果炎症範圍不是特別大，只是在直腸下段炎症，可以通過栓劑。栓劑能起到比較好的治療作用，比如美沙拉秦栓在臨床上對直腸炎有比較好治療作用。還有治療肛門部的太寧栓，也有黏膜保護作用，也對直腸炎症也有一定治療作用；
2、灌腸治療：灌腸後要儘量躺著，先暫時不要直立，過幾個小時後，藥物得有部分吸收，還有部分水分都吸收掉，這時再活動。如果剛灌進去，要活動，容易有便意感，保留不住藥液，所以在臨床上灌藥以後要臥位待著。如果有乙狀結腸的炎症，體位可以呈頭低臀高位，這樣讓藥液往乙狀結腸流動，可能效果比較好。