直腸炎一般吃藥多長時間，主要根據直腸炎治癒的程度來判定。直腸炎的治癒需要結合中醫證候療效評價標準，評價標準中療效指數大於95%，要結合常見的療效評價。常見的療效評價包括內鏡應答和黏膜癒合來進行評價。

在黏膜癒合評價中，一般參考吉布斯指數描述來評價，因為吉布斯指數描述可重複性比較好，黏膜組織學評分效度也比較高，比較理想的腸炎組織學評分指數，目前廣泛應用臨床試驗，為療效評估的終點指標之一。

一般臨床症狀都比較緩解，腸鏡下黏膜也癒合了，但不代表腸炎治癒，只是症狀緩解，建議堅持吃藥大約3年左右。