直腸炎的治療，取決於直腸炎的性質。直腸炎通常分為特異性直腸炎和非特異性直腸炎。特異性直腸炎要根據大便常規、大便培養檢查結果以及發病原因進行針對性的治療，其療效非常明顯，特別是有針對性的使用抗生素，配合辨證的使用清熱利溼、健胃的中藥，治療效果非常明顯。而非特異性潰瘍性直腸炎病因不明，治療相對複雜。非特異性潰瘍性直腸炎和結腸炎，要採用綜合的治療，應用中藥辨證治療，調整體質，能夠達到長久治癒的效果。對局部潰瘍較明顯的也可採取局部灌腸用藥，其灌腸藥物種類很多，可辨證使用中藥治療，起到局部生肌、清熱的作用，幫助潰瘍癒合，療效非常明顯。