通常先天性巨結腸一經確診需要保守治療、手術治療，臨床常見以下幾種情況：

1、保守治療：對未完全肯定或無需立刻手術的患兒，可以先進行保守治療，包括擴肛、洗腸等，保持排便通暢，避免出現腹脹、腸炎等；

2、手術治療：對已確診為先天性巨結腸的患兒，在條件允許手術情況下需要盡早手術，目前進行腹腔鏡巨結腸根治術效果較好，且術後恢復較快。巨結腸出現嚴重併發症，如腸穿孔或者出現巨結腸危象，需要先進行腸造瘻解決患兒的排便功能，待患兒情況好轉後，通常3個月後再進行巨結腸根治術，術後恢復相對較好。