先天性巨結腸治療方法如下：

1、開腹手術，即切除病變段腸管，將正常的腸管接到下面。該手術是大手術，而且術後會影響患兒直腸功能，影響患兒肛門括約肌；

2、腹腔鏡手術，即腔鏡輔助下做該手術，達到微創效果。通常是在患者腹腔上打幾個洞，經過肛門做手術。部分患兒病變段較短，甚至可以單純經過肛門完成手術；特別是新生兒，1週歲不超過2週歲嬰兒，這種患兒是普通型巨結腸，可以經過肛門完成手術。