先天性巨結腸手術是大手術，按照手術大小分類是Ⅳ類手術，肯定有危險。具體情況如下：

1、如果患兒是新生兒、疾病較重，腸梗阻嚴重，又有併發症，相當於病患有小腸結腸炎，有的患兒併發為腸穿孔、瀰漫性腹膜炎，手術相對較危險。若巨結腸患兒便秘較嚴重，治療時一時解除不了腸梗阻，有的患兒併發腸梗阻，出現腸穿孔、腸穿孔、腹膜炎，這種患兒就較危險。這時患兒只能先造瘻，度過危險期，改善營養狀況後再做二期手術；

2、如果是普通患兒，小時候護理較好，在新生兒就可以有條件做手術，這種患兒沒有出現併發症的情況下，手術較安全。