先天性巨結腸手術以後部分患者會復發，但是不一定具體第幾年復發，不同時間都可能出現復發，導致復發的原因如下：

1、手術過程中會做病理切片，明確腸道神經是不是正常，部分孩子切緣雖然有神經元，但是手術以後要進行縫合，進行各種操作、牽拉，縫合到正常肛門位置也可能有一段腸道會出現缺血，導致正常的腸道神經元變性，所以出現手術後復發；

2、部分患兒存在跳躍型巨結腸，雖然切到了正常神經元，可能近端還有不正常神經元存在，會導致復發。

所以，先天性巨結腸手術以後可以出現復發，但是概率較低。