先天性巨結腸有併發症，雖然手術切除了大腸，根據術中的情況有可能切除的腸管比較長，或者全結腸的巨結腸術後容易出現大便次數排的比較多，出現肛周糜爛。如果手術切除範圍比較大，術後有可能有肛門失禁的併發症，正常的手術有可能損傷肛門括約肌引起肛門失禁。手術年齡2個月以後做最好，早期做巨結腸根治手術容易導致併發症增多，術後出現小腸結腸炎。大部分先天性巨結腸做手術不影響正常生活，常見型的巨結腸佔70%以上，手術後的恢復可以達到正常的生長需要，不存在併發症的出現。