先天性巨結腸患兒，術後隨訪需要一個月、三個月、六個月、一年、兩年，還有長期隨訪，定期評估患兒的排便及控便能力，同時預防巨結腸的發生。國外研究的長期隨訪中，雖然仍有少部分患兒在成年後仍存在排便異常，但是大部分患兒控便能力得到改善加強，汙糞等症狀多數得到改善。此外有部分患兒存在沮喪、抑鬱症狀，但總體來說生活質量與普通人無異。需要經常性的到門診觀察，門診隨訪的醫生要隨時問詢患者的排便情況。

如果小孩出現小腸結腸炎的併發症，特別是出現發熱、腹脹或者大便腥臭的症狀，考慮小腸結腸炎。如果有小腸結腸炎需要再次住院治療，需要結腸灌洗及甲硝唑保留灌腸治療，需要對症治療還有抗感染治療，經過治療，小腸結腸炎大部分可以痊癒。有些來勢兇猛的小腸結腸炎，如果家長不重視發病比較快，容易導致感染加重、膿毒血癥，甚至引起生命危險，門診定期複查是很重要的。