建議先天性巨結腸患兒2個月左右做巨結腸根治手術，2個月大耐受性比較好，大多患兒能夠耐受手術，術後出現併發症的幾率比較小。如果拖遲到6個月以上做手術，術後容易出現巨結腸的併發症，比如營養不良、貧血等症狀，時間久了巨結腸引起消化道的毒素吸收，引起體內營養代謝障礙出現營養不良。

隨著醫療技術和護理水平的不斷提高，手術方式和技巧逐步改善，原來先天性巨結腸患兒的手術年齡從1歲以上，體重10kg以上，到目前生後2個月左右或者年齡更小行根治手術。目前國內專家有爭議是否能在新生兒期做巨結腸手術，但手術風險比較高，若新生兒期做巨結腸手術，術後易引起小腸結腸炎等併發症。