先天性巨結腸在新生兒時期主要治療辦法分保守治療或手術治療，具體分析如下：

1、保守治療：主要是對症治療，比如輸液、抗感染等，另外最主要是灌腸，即迴流灌腸。 護士需很耐心，從孩子肛門下管，每一次打進去生理鹽水和抽出來，要求抽出來比打進去多。灌腸後，孩子腹脹明顯減輕，恢復食慾。另外比較輕的患者可以用肥皂條、開塞露、食用油等，從肛門打入，用來刺激排便；

2、手術治療：主要需要腸造瘻，暫時解除腹脹。部分孩子灌腸效果不好，需要手術治療。

先天性巨結腸是常見消化道畸形，大多數是從新生兒時期表現出來，最主要表現是胎糞排出延遲、腹脹、嘔吐、誘發排便反射。新生兒期暫時不要根治性手術，要暫時造瘻或者保守治療。