經過多年的發展，現在先天性巨結腸的治療預後相當好。現在在全國各個大醫院，包括現在地市級以上的醫院都紛紛開展了這個手術的治療。現在巨結腸只要得到及時診斷，及時治療，預後都比較好。當然要根據巨結腸的病變的程度，還有選擇適合的手術方式，手術之後的護理非常重要，包括術後的擴肛，術後定期的門診隨訪，術後一些飲食上的注意情況，這些都影響他預後的情況。巨結腸手術無論採取哪一種方式，巨結腸患兒的術後都會出現併發症的可能，其中最常見的包括便秘的復發、汙糞、大便失禁、肛門狹窄等。這些主要還是由於本身的病變造成的，當然也跟手術方式的選擇，術後的護理水平有關。術後最關鍵的是一定要根據醫生的建議進行定期的擴肛，必要時還要進行清潔灌腸，培養小孩子逐步正常的排便習慣。