功能性胃腸病能不能治好，取決於評判的標準。功能性胃腸病與器質性胃腸病的區別在於是否存在器質性改變，胃潰瘍患者通過正規服藥可使疾病痊癒，而功能性胃腸病的檢查指標均正常，所以應將判斷標準設定為症狀是否能夠得到改善。功能性胃腸病患者通常可通過藥物治療改善症狀，甚至部分患者在停藥後也可以維持一段時間。

功能性胃腸病可能由多種原因引起，可能存在社會及精神因素，所以無法保證不會由於情緒波動導致功能性胃腸病症狀復發。因此，對於功能性胃腸病的治療，主要目的是改善症狀、提高生活質量。對於症狀反覆則無需過於緊張，並不會對身體造成實質性傷害。