食管、胃、小腸、大腸及膽道出現疾病均可能導致患者出現功能性胃腸病，包括功能性消化不良、胃食管反流、腸易激綜合徵、功能性便秘等，患者需根據症狀進行治療，應通過檢查排除器質性疾病再進行對症處理。若患者出現腹痛、燒心的症狀，可以使用制酸劑緩解症狀。若出現消化不良的症狀，可以使用促胃動力藥或調節胃腸功能的藥物。

此外，若患者存在便秘症狀，可以進行通便處理。若存在腹瀉症狀，則可以使用益生菌等藥物進行治療。對於功能性胃腸病的患者需進行個性化治療，對於不易治癒的功能性胃腸病患者，建議找到信任的醫生建立相對穩定的醫患關係，從而方便藥物調整，比頻繁更換醫院或醫生的治療效果更佳。