通常急性腸炎為感染細菌和病毒，細菌性腸炎最常見。細菌中經常見到腸球菌、鏈球菌、傷寒菌。要根據感染細菌類型選用合適的抗生素，或經驗性選用抗生素治療。最常見的效果最好的是喹諾酮類如氟哌酸、左氧氟沙星、莫西沙星等。

除了抗生素以外，還要針對腸炎臨床症狀進行對症處理，因為丟失腸液比較多，所以要注意補充液體、補充電解質，防止發生低鈉、低鉀等。另外還要用止瀉藥物，如黃連素、蒙脫石散，如果發燒還要用退熱藥物。

用這些藥物的同時，還可以加用益生菌如地衣芽孢桿菌、乳酸腸球菌等，能夠幫助機體迅速建立正常菌群，讓急性腸炎更加快速治癒。