男性精子發黃並且呈果凍狀，需要根據精子發黃的原因分析，選擇相應的處理方式。如果是因患者長時間沒有性生活，長時間不射精所導致的精液存積時間比較過長，進而出現精液發黃，屬於正常的生理現象，通常不需要治療，經過規律射精後，精液亦會恢復到正常顏色。

如果是病理因素所導致的精液發黃，如患有尿道炎、睪丸炎、前列腺炎等疾病導致，可以到醫院進行精液分析、精液檢測、前列腺液檢，常規檢查及精子囊B超等檢查，進一步明確是否存在以上病因，然後針對病因採取相應的治療措施，如尿道炎可以應用抗生素治療。