精子頭部缺陷，首先從常規形態學角度來說，精子頭部缺陷包含大頭、小頭、錐形頭、梨形頭、圓頭、不定形頭、有空泡的頭，頂體後區有空泡。以及頂體區域過小或過大，頂體區過小指頂體區小於整個精子頭部面積的40%。頂體區過大指頂體區域大於精子頭部整體面積的70%。雙頭、多頭以及缺陷的頂體組合，因為精子頭部包含頂體酶和遺傳物質，所以如果精子頭部缺陷率過高，就會導致精子和卵子發生頂體反應時。由於酶缺陷或酶不夠，所以導致無法發生頂體反應，而出現精子和卵子不結合，也就是經常說的不受精，或由於頂體後區DNA物質受到影響，即使發生了頂體反應受精，受精後也無法形成胚子，或胚子形成之後，可能會導致胚胎不發育、胚胎髮育停滯或流產。一般情況下，一個精子和一個卵子結合，常規一份精液標本里面存在正常的精子比例非常多，所以畸形精子、頭部有缺陷的精子和正常精子相比，正常精子更容易和卵子結合。