患者罹患生殖器皰疹的直接原因是感染，由單純皰疹病毒感染引起。引起生殖器皰疹的單純皰疹病毒主要屬於Ⅱ型單純皰疹病毒，可通過性接觸傳播。患者在第1次接觸單純皰疹病毒後，局部會出現生殖器皰疹，稱為原發性單純皰疹，可能在10天左右痊癒。

但此時病毒並未從身體中消失，並且會潛伏在神經節中。當患者身體抵抗力較低、身體狀況較差或睡眠較差，甚至酗酒、失眠等狀態下，病毒即可在神經節繁殖，並通過神經到生殖器皮膚或黏膜表面而再次形成單純皰疹皮損，稱為複發性單純皰疹。因此，原發性單純皰疹是由於性接觸傳播而直接感染，繼發性生殖器皰疹則是由於患者身體狀況不佳、抵抗力下降所導致。