生殖器皰疹是由於單純皰疹病毒感染引起，若屬於原發性生殖器皰疹，即患者第一次出現疾病，通常症狀較重且皮損較重，此時建議患者口服及外用抗病毒藥物聯合治療，效果較好。但生殖器皰疹在第一次發病後，病毒會在患者體內潛伏，而當患者的身體狀況較差時則易反覆發作，所以治療方式還應取決於發作頻率。

若患者偶然復發生殖器皰疹，則早期外用抗病毒藥物即可。若患者存在頻發的生殖器皰疹，甚至每個月出現一次，則可以考慮進行藥物治療以預防復發，此時需要服用相對較長時間的藥物，才可預防或減少復發的可能。