男性生殖器皰疹的症狀為自覺包皮或者龜頭有發脹感，發現上面有1-2個小紅點，1-2天體積增大以及數量增多，變成小水泡並且比較容易破，局部可以有疼痛或者燒灼感。

通常初次發生的生殖器皰疹，可能7-8天會消失，再次發生4-5天會消失，此疾病無需用藥物治療會逐漸消失，屬於自限性疾病。但是有反覆發作的特點，通常反覆發作時也有誘因，如勞累、熬夜、生氣、情緒不佳或者著涼、感冒等，病毒會重新氾濫。

當患有生殖器皰疹後，通常此病毒不會在體內消失，其存在於骶尾神經節裡面，當身體免疫力下降，則出來繁殖，在生殖器部位出現簇狀分佈的紅斑或者糜爛。若在疾病發作時與別人發生性接觸，可能傳給別人的幾率較大。