目前生殖器皰疹的治療主要使用抗病毒藥物，如阿昔洛韋、伐昔洛韋、泛昔洛韋等，外用藥可選擇噴昔洛韋乳膏。上述藥物可用於治療生殖器皰疹、單純皰疹，從而達到減少病毒排出，減輕症狀的目的。

但需要注意，目前抗病毒治療無法完全清除體內病毒，故生殖器皰疹可反覆發作。如果皰疹發作較為頻繁，如一年發作超過6次，患者應到醫院接受完整治療，即抑制性療法，通常療程在半年左右。另外，治療和預防皰疹復發不能僅進行藥物治療，而是應從健康、睡眠、飲食等多方面預防，保持健康的生活方式。