絕大多數情況下，單純皰疹病毒一旦感染了就會終身攜帶，但終身攜帶並不一定會致病。很多時候只要得到有效的治療，病毒會長期處於休眠狀態，既不傳染別人，自己也沒有出現任何症狀，又稱為功能性治癒。因此，雖然生殖器皰疹病毒是終身攜帶，但也可以達到功能性治癒、長期抑制的狀態。

生殖器皰疹是由單純皰疹病毒感染引起，單純皰疹病毒感染可分為Ⅰ型和Ⅱ型。單純皰疹病毒一旦感染以後，會潛伏在尾骶部的神經節細胞內。因為人體自身有一個保護機制叫做血-腦屏障，在人的神經外面有一層較厚的膜保護神經，以免神經遭受到外界的攻擊，損傷神經，所以使用的藥物很難穿透保護膜，使藥物滲透到神經內，來清除神經內的單純皰疹病毒。