生殖器皰疹的治療比較棘手，尤其對於女性患者還要懷孕，治療方法可分為中醫治療和西醫治療，具體如下：

1、西醫治療：以長期病毒抑制療法為主，長期是指使用抗病毒藥物，包括伐昔洛韋、阿昔洛韋。前10天藥物使用的劑量比較大，10天后需要改為小劑量持續性維持治療。抗病毒藥物一般需要口服3個月左右，歐美治療指南可以口服到半年左右；也可以使用免疫調節治療，比如胸腺肽等提高細胞免疫的藥物治療；

2、中醫治療：和西醫的治療其實原則上是一致的。在皰疹病毒的發作期間，應採用清熱、解毒、化溼的中藥治療，比如五味消毒飲加減治療；在皰疹間歇期，採取益氣養陰的中藥治療。對於在懷孕期間的女性患者，可採取清熱、解毒、化溼的治療，大多數情況下對胎兒沒有影響。