首先要明確生殖器皰疹的致病原因是生殖器皰疹病毒造成的致病菌，也就是單純皰疹病毒的2型造成的生殖器皰疹，是病毒性疾病。

藥物治療分兩類，一類是抗病毒，就是洛韋類藥物，阿昔洛韋、泛昔洛韋、伐昔洛韋。第二類就是殺病毒，不是抗，而是殺死，殺死的藥物主要是干擾素。局部有皰疹，特別是破潰時塗α-2b干擾素凝膠最好，專門有這藥是進口的，專門殺病毒的。

皰疹破潰以後，含大量病毒，塗α-2b干擾素凝膠可以殺滅病毒，同時可以快速的讓傷口、黏膜癒合。當然光靠塗藥是不夠的，根本治療還是要徹底的殺滅病毒，就是要用干擾素針來注射治療。注射治療就是降低體內的病毒含量，避免復發的可能性，有的人用完干擾素打針打一段時間後，半年左右犯一次，再用一年左右犯一次，直至最後不犯了。所以說讓體內的皰疹病毒含量降低，是根本的治療方法，塗藥是在皰疹破潰時應急的辦法。當然用抗病毒的藥，也可以促進癒合，可以同時服用更昔洛韋，再打干擾素，目前的治療主要是這兩個方面。