引起生殖器皰疹的病毒主要有單純皰疹病毒Ⅰ型和單純皰疹病毒Ⅱ型，單純皰疹病毒Ⅰ型是口唇部皰疹的主要病因，口交行為是生殖器皰疹的常見誘因之一。

在肛門生殖器皰疹中，單純皰疹病毒Ⅰ型的感染力比之前升高，在男男同性戀及女女同性戀中發現的比較多。單純皰疹病毒Ⅱ型是生殖器皰疹發作最常見和最主要的原因，是亞臨床症狀及無症狀排毒期間間歇性排毒的主要病因。

目前生殖器皰疹Ⅰ型和Ⅱ型均可誘發患者病情反覆發作，但病情復發在Ⅱ型皰疹病毒中更為常見，皰疹病毒的分型有利於患者病情評估和預後估測。

目前對皰疹病毒的檢測有兩種手段，一種是病毒學檢測，即對皮病損處的組織和細胞進行培養，但是因為檢測率靈敏度較低，臨床上多采用聚合酶鏈式反應即PCR反應。

生殖器皰疹為間歇性排毒，所以PCR檢測結果陰性並不能排除沒有皰疹病毒的感染。血清學檢測是血清學皰疹病毒抗體檢測，主要用於臨床上無症狀的HSV感染的監測。