生殖器皰疹患者感染臨床症狀往往不太典型，目前1/3的患者感染單純皰疹病毒Ⅱ型時會出現臨床症狀，這部分人的潛伏期兩天到兩週不等。生殖器皰疹感染之後，後期存在反覆發作的過程，潛伏期跟患者接觸的誘因和身體的免疫狀態有關，一年四次或十幾次都有可能。生殖器皰疹感染的患者，在無臨床症狀期和複發性生殖器皰疹患者的間歇期，都可以存在無症狀排毒，仍然有傳染性。在這個期間，病毒學檢測不一定能完全檢測出病毒DNA，對於性伴侶有傳染的風險。在患者沒有臨床症狀前，可以通過檢測血清學皰疹病毒抗體來初步篩查是否感染皰疹病毒。