生殖器皰疹的典型臨床症狀，在水腫性紅斑上出現簇集性的小水泡或丘皰疹，2-4天后迅速發展為糜爛或潰瘍，糜爛面或潰瘍面同時伴有局部燒灼、瘙癢、疼痛感，部分患者還可以出現同側腹股溝淋巴結腫大及壓痛。生殖器皰疹患者中不典型臨床症狀比較多見，比如非特異性紅斑、皮膚的裂隙、皮膚擦爛性紅斑、皮膚毛囊炎樣的改變、硬結樣的改變，同時還包括包皮腫脹、滲液，都可以由生殖器皰疹感染引起。生殖器皰疹在臨床表現上可以出現糜爛面和潰瘍面，往往需要與梅毒疹相鑑別。類似毛囊炎樣的損害，要與皮膚的細菌感染性疾病相鑑別，比如毛囊炎、皮膚癤腫，同時生殖器皰疹還可以出現非特異性紅斑，需要與固定性的藥疹相鑑別。