潰瘍性結腸炎最常見的臨床表現為腹瀉，大便可能帶有血絲和膿液，稱為膿血便。腹瀉輕者3-4次/日，重者多於10次/日，可能伴隨腹痛、腹脹等胃腸道反應。

潰瘍性結腸炎的症狀根據嚴重程度不同有一定差異，部分患者存在腸外表現，如關節炎、肝功能異常、皮疹、虹膜睫狀體炎等。發熱並非潰瘍性結腸炎的常見表現，但出現繼發性感染後可導致發熱，根據潰瘍性結腸炎有無合併細菌或病毒感染可以判斷。大部分潰瘍性結腸炎是以腹瀉、膿血便、腹痛為主要症狀。