慢性甲溝炎要根據形成甲溝炎的原因、甲溝炎的症狀、是否有嵌甲畸形綜合判斷進行綜合的治療，對於慢性長期復發的甲溝炎應該以根治式的手術為主，建議做甲溝成形術，同時配合日常的消毒，足部的衛生護理和指甲的修剪要求。

慢性甲溝炎往往病程較長，會形成慢性炎症的反覆刺激而出現肉芽，伴隨有嵌甲的情況存在，治療相對比較困難，單純的拔甲或修剪一側的指甲不能徹底治癒，建議做甲溝成形術。甲溝成形術是一種手術方式，主要是將甲旁慢性增生的炎症組織徹底切除，同時把炎性組織下面包埋的部分甲床和甲根徹底切除，並不損傷正常外露的甲床和甲根，所以術後指甲仍然正常生長，有正常的形態，同時又能重塑甲溝，避免術後復發，對於兩側患有慢性甲溝炎，可以同時做同一個指甲兩側甲溝的甲溝成形術，可以避免復發並徹底治癒。

慢性甲溝炎還要注意炎症的預防，定期傷口消毒，不要過緊的鞋子，避免發作期劇烈體育勞動和行走，修剪指甲要保持適當的留長的良好習慣，才能徹底治癒慢性的甲溝炎。