百多邦對甲溝炎有一定局部殺菌和消毒作用，但作用較侷限，尤其是對於重度甲溝炎，往往治療效果不佳。百多邦是皮膚黏膜消毒劑，對常見的皮膚黏膜病菌有殺菌作用。甲溝炎患者可以使用百多邦產生局部殺菌、消腫作用。但甲溝炎炎症往往是深部炎症，通常在指甲下部，甲溝炎炎症往往是由於嵌甲以後指甲刺激引起，藥物對治療甲溝炎有一定效果，但不能產生全部的治療作用。百多邦殺菌譜也有限，不像常見的皮膚黏膜消毒劑，如碘伏、活力碘，具有廣泛殺菌作用。

甲溝炎本身不完全依靠藥物治療，需要改善指甲陷入甲旁的嵌甲狀態，才能夠充分治療。甲溝炎如果是輕度，可以使用百多邦做皮膚黏膜的消毒，如果是重度炎症，或反覆復發形成嵌甲畸形，除了外用百多邦，還要求助專科醫生，做相應的專科治療，才能徹底治癒。