潰瘍性結腸炎手術分為緊急手術和擇期手術兩大類。緊急手術主要用於爆發性結腸炎患者，經過內科保守治療無效者。擇期手術主要用於慢性持續性患者，經過內科保守治療效果不佳，嚴重影響生活質量，或者內科保守治療效果還可以，但對內科藥物不耐受者。緊急手術一般分為3期手術方案，具體如下：
1、第1期結腸廣泛切除，加上回腸末端造口；
2、第2期行迴腸及肛管儲袋式吻合，近端迴腸預防性造口；
3、第3期還納造口。
對於擇期手術患者，第1期和第2期手術可以同時進行。總之，手術是治療潰瘍性結腸炎的終極措施，可以根治潰瘍性結腸炎。