囊腫性痤瘡可以自愈，但自愈時間較為漫長，如青少年階段出現的囊腫性痤瘡，到中年階段會逐漸消退，但消退以後並不是毫無痕跡，往往會遺留色素沉著、痘坑或瘢痕，表現為面部出現凹坑或肥厚性的瘢痕增生。因此出現囊腫性痤瘡，應積極治療，避免出現後期自愈以後更加棘手的瘢痕問題。囊腫性痤瘡，在臨床上屬於中重度痤瘡類型，常見治療方法有以下幾種：

1、局部注射藥物：如果囊腫數目較少，可以局部注射藥物，通常選擇注射糖皮質激素，如複方倍他米松，讓囊腫逐漸吸收。

2、口服藥物：如果囊腫的數目比較多，可以選擇口服藥物治療，如異維A痠軟膠囊，異維A痠軟膠囊，可以可逆性地控制皮脂腺分泌皮脂，抑制毛囊口過度角化，讓囊腫結節逐漸吸收，預防或緩解痤瘡後的瘢痕。它可以作用於痤瘡發生的各個環節，尤其是囊腫結節性的痤瘡；

3、物理治療：選用一些物理治療，如紅藍光、光動力，特別是光動力治療，適合囊腫結節性痤瘡，通過局部塗抹光敏劑以後照光，可以殺滅痤瘡丙酸桿菌，同時讓囊腫結節最大程度地恢復，減少痤瘡後的瘢痕形成。