腸息肉的治療主要為手術切除，通常指在腸鏡下進行手術切除，屬於微創治療。較多醫院在患者進行腸鏡檢查時，發現患者的腸道出現息肉後，醫生會建議患者進行及時切除，所以手術治療是主要治療手段。

對於部分較小的息肉，比如2-3mm以內的息肉，或者剛生長的息肉，或者外表扁平的息肉，很有可能是炎性息肉，患者也可以通過使用藥物進行治療。如可以選擇腸道菌群的調節藥物以及中成藥，同時調整飲食，選擇以高纖維、粗纖維、蔬菜、瓜果為主的飲食，促進腸道蠕動，保證每日大便通暢，有助於患者的腸道功能恢復，而如果患者的息肉屬於炎性息肉便可能逐漸恢復健康。