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兒童打完手足口疫苗後的發熱多為低熱，經過2-3天即可好轉，在此期間需注意多休息，儘量保持房間安靜，溫溼度適宜，勤開窗通風，以保持空氣清潔，同時可採取物理降溫幫助退熱，如用毛巾溼冷敷額頭，溫水擦拭身體，在額頭、喉、後頸部貼退熱貼，患兒睡覺時露出手腳等，以起到散熱作用。如果發現患兒體溫高於38.5℃，需適當服用退熱藥，如體溫持續增高或不下降，需積極就診治療。
兒童高燒39度，首先需要明確兒童發熱的原因。多數發熱是呼吸道感染等疾病所造成，此時如果出現嘔吐，可能是胃腸型感冒的表現，或發熱引起胃腸功能紊亂。但嘔吐還可能是其它重要器官功能不良的表現，例如腦炎的患者出現顱高壓時，會 持續出現頭痛合併嘔吐。在心功能衰竭時，患兒會出現循環不良，從而出現嘔吐。所以，需要進行對因處理。
兒童因發熱常出現驚厥，稱為熱性驚厥，是在兒童出現呼吸道感染，特別是引起發熱時，兒童出現驚厥的疾病。該症狀是因為兒童的神經功能發育不完善，出現高熱時，會導致大腦神經異常放電會出現驚厥表現。