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先天性腸閉鎖是一種比較嚴重的先天性消化道畸形，這種患兒出生以後，唯一的治療方式是手術治療，只有手術治療才有可能挽救患兒的生命。手術的方式需要根據患兒閉鎖的部位、閉鎖的程度和閉鎖的類型來進行選擇。如果是隔膜型閉鎖，可以行腸壁切開膈膜切除手術。如果隔膜的位置在 十二指腸乳頭附近，可以行避開隔膜的短路手術。如果閉鎖發生在結腸，許多患兒需要進行結腸造瘻手術，待患兒經過一段時間的發育以後，再行二期手術將結腸還納。如果閉鎖的部位是在空腸或迴腸，一般來講需要進行腸管的重新吻合手術。如果出現比較嚴重的併發症，如閉鎖的腸管穿孔、瀰漫性腹膜炎等比較嚴重的情況，有時候腸管吻合術無法進行，需要進行造瘻手術。
若巨趾症患兒採取縮容術等手段進行治療，治療過程中血供的判斷較為重要。患兒術後可能出現血供障礙、皮膚壞死等症狀，症狀較輕者可重新換藥，症狀較重者需二期手術再次植皮，甚至部分患兒巨趾可能因血供障礙導致壞死，需進行截肢。
拇指發育不良治療方式的選擇與其分型有關。Ⅰ度及Ⅱ度拇指發育不良患者可通過掌肌功能重建進行治療；Ⅲa型拇指發育不良患者，其掌指關節穩定性不佳，需對其穩定性進行重建；Ⅲb型拇指發育不良患者，其腕掌關節穩定性亦不佳。與手指數量相比，國外臨床理念較為注重患者手指功能，對於Ⅲb型、Ⅳ型及Ⅴ型拇指發育不良應採取食指拇化治療。食指拇化即將食指作為拇指進行重建，放置於對掌位，其手術步驟較為複雜。與手指功能及外形相比，亞洲人群則較為注重五指齊全，臨床常採取拇指重建治療。
小兒迴腸畸形均屬於先天性結構發育異常，多采取手術治療。治療之前首先需要確診，依據患兒的臨床表現選擇合適的手術時機以及手術方式。先天性腸閉鎖通常可以產前初步診斷，產後一經確診，需立即手術治療，預後良好；腸重複畸形產生腹部腫塊，主要以手術切除為主，引流手術僅能緩解症狀；Meckel憩室出血量較大需要立即憩室切除。
目前認為迴腸結構畸形與遺傳因素相關性較小，僅為偶然性的局部發育異常所致，因此，難以進行針對性預防。隨著圍產醫學的不斷發展，越來越多的疾病可以做到提早發現。先天性腸閉鎖和腸重複畸形均可在產前得到診斷，產後再對患兒進行相應的檢查，早確診、早治療，對於患兒的康復均起到積極作用。因此，建議產婦全面孕檢，對於迴腸畸形及早治療。