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單純的小腸重複畸形治癒率接近百分之百。需要特別注意的是手術的時機，對於急性壓迫或者腸扭轉導致的腸梗阻，需立即手術；對於輕微壓迫導致的腹部不適、疼痛、消化不良，可以進行限期手術，即選擇合適的時機進行手術；對於腸重複畸形導致的消化道出血，出血量較大建議 及早手術，出血量較小建議先改善患兒身體狀況再進行手術。
小腸重複畸形具有不同的類型，並引起不同程度的臨床表現，但臨床上均建議進行手術治療。最佳手術治療時期需要依據患者的具體情況具體分析，對於具有腸梗阻和消化道出血癥狀的患者，即使尚未完全確診，均建議及早進行手術治療；對於症狀較輕，無法完全確診為腸重複畸形 的患者，需通過各種檢查方式及早確診，並選擇合適的時間進行手術。