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癲癇手術治療的總體效果良好，30%左右是藥物難治性癲癇，通過藥物調整，癲癇仍無法控制，這部分患者是手術的重點人群。手術包括多種方法，如切除性手術，包括前顳葉切除術、顳外側病灶切除術、腦葉切除術、大腦半球切除術，還有離斷手術，如胼胝體切開等。目前比較先進的一種方法是神經調控，通過刺激迷走神經進行治療。
腦外傷之後，患者癲癇的發病率因腦外傷的類型不同而有所差異。如果是單純的硬膜外血腫，術後患者幾乎不會發生癲癇，因為腦部的腦實質沒有受到明確損傷，血腫主要集中在硬腦膜外，手術只是將硬膜外血腫清除，而對腦組織沒有影響。所以對於 單純的硬膜下血腫，術後發生癲癇的可能性也極低。如果患者有腦挫裂傷，如額葉和顳葉的腦挫裂傷，患者在外傷之後發生癲癇的概率很高，可能達到10%-20%。
癲癇小發作又稱為典型失神性發作，一線治療藥物主要為乙琥胺、丙戊酸鈉、拉莫三嗪等。癲癇小發作是臨床上兒童以及青少年比較常見的癲癇發作形式，主要表現為幾秒鐘1次的愣神，可以出現突然食物掉落或突然走神等，每天可以發生數十次，甚至數百次。癲癇 發作患者的腦電圖可以出現3秒/次的極慢波，但背景節律較好，比較容易控制，藥物治療效果較好。