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結核性腹膜炎的確診方法就是確定無疑的診斷方法，主要是靠輔助檢查，具體如下：1、看腹腔有沒有水，可以通過彩超、腹部CT、核磁等來證明腹腔有沒有水；2、分子生物學檢查，可以抽腹水查腹水的性質如滲出液、漏出液，可以查查腹水裡有沒有結核分枝桿菌，還可以通過分 子生物學方法查查腹水的結核菌的RNA、DNA，這都是所謂的高、精、尖的檢查方法；3、最準確的方法是通過腹穿抽取腹水之後，做結核菌培養，培養陽性而且最後進行鑑定是結核分枝桿菌，這就起到確診結核性腹膜炎的作用。結核性腹膜炎的診斷是綜合性診斷，除了需要做輔助檢查之外，還要結合病人的病史、臨床表現，如全身乏力、發熱、盜汗、食慾減退、體重減輕，以及腹部或局部的症狀，包括腹痛、腹瀉、噁心、嘔吐甚至檢查到腹部包塊等，其它檢查還有結核菌素試驗等，通過綜合方法來達到診斷結核腹膜炎的目的。
結核性腹膜炎最常見或嚴重的併發症主要是三個，具體如下：1、腸梗阻：腸結核發生之後會造成收縮，隨著時間延長會收縮，收縮之後能夠使得腸腔變的狹窄，輕者造成不全性梗阻，嚴重者造成完全性梗阻，一旦出現腸梗阻腸子就不通，腸道內容物就不能從上面通到 下邊，這就造成阻塞，會引起劇烈的腹痛等；2、腸穿孔：腸結核長在腸壁上，如果結核比較深、比較大，完全可以造成腸子破裂、穿孔。一旦穿孔之後，內容物如糞便、氣體，完全可以到達腹腔，引起腹腔化膿性感染；3、腸出血：腸黏膜的血供非常豐富，不管是腸子病變或造成血管破裂，都可以嚴重的造成出血。
結核病的復發問題很複雜，首先可以肯定結核性腹膜炎有一定的複發率，需要區別對待。結核病的治療原則要早期、聯合、適量、規律、全程，其中全程非常重要。如果三天打魚兩天曬網，沒有完成結核病的治療療程，也就沒有達到治癒的目標，病人複發率就非常高。病人遵循醫生的 醫囑，做到了結核性腹膜炎治癒的目標，複發率非常低。病人復發的原因牽扯到非常多複雜的問題，具體如下：1、個人身體狀況：如果有糖尿病或基礎疾病等，腫瘤放化療之後免疫力比較低，病人複發率自然會相對高；2、結核菌：現在肺結核的耐多藥率是6%-7%，結核性腹膜炎也有可能造成耐多藥，對於耐多藥的病人，用一般的方案難以達到治癒的目標，自然複發率會稍高。
大多數情況之下，結核性腹膜炎病人經過正規治療，包括內科治療、抽腹水、激素應用、對症治療等，絕大多數病人腹水應該會在2-3周之內吸收完全，或者大部分吸收，遺留少量腹水。也有個別病人如耐藥的病人，可能吸收速度慢，還包括得了 有糖尿病的病人等免疫力低的病人，腹水會消失慢。包裹性積液的病人，所謂包裹就是腹水包裹在腹腔的某一部分，形成像皮囊一樣，外邊有一層膜，裡邊包裹的是腹水，病人因為有包裹，所以腹水吸收的速度慢的多，甚至於很長時間都遺留下來一個大的或者小的包裹，病人恢復要差。所以整體來講，關於結核性腹膜炎腹水的消失，大部分很快，但是個別會比較慢。
一般單純結核性腹膜炎不需要進行手術，由於在疾病治療過程中，部分患者突然出現急性瀰漫性腹膜炎，因為腹腔結核桿菌導致局部膿腫，甚至腸繫膜上乾酪樣壞死淋巴結突然破潰，造成膿液和壞死物全部漏到腹腔中，引起患者劇烈腹痛，需要急診手術治療。對於單純慢性腸繫膜淋巴結炎，包括腹腔 結核及結核性腹膜炎，無需手術治療。通過外科診斷，包括腹腔CT，甚至彩超、磁共振檢查，如果發現腹腔存在巨大包裹性膿腫，或腹腔腸管增厚、積氣，此種情況均為急診手術指徵。