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腦幹出血第一大併發症，就是繼發性肺部感染。第二就是上消化道出血。第三就是頑固性呃逆和反流，還有就是會出現長期臥床以後患者出現褥瘡。還有就是關節的僵硬和肌肉的萎縮，還有就是的體溫和電解質的改變，都是腦幹出血比較嚴重的併發症之一。
腦幹出血如果達到20ml，在臨床上救活的可能性基本為零。因為有研究表明，如果腦幹出血大於10ml，其死亡率也基本接近100%。腦幹出血在臨床上為什麼表現的嚴重，如果把人比作一座房子，腦幹就相當於是房子的地基。如果腦幹發生了出血，就相當於房子的地基受到了動搖，哪怕出血量很小，也會引起非常嚴重的後果。
經過內科保守治療或者經過微創等手術方法之後能夠存活下來的患者，大部分都會在2周左右會醒。首先出現眼球活動，然後出現四肢有對刺激的反應能力，最後大部分患者會出現肢體的躲避反應，逐漸出現眼睛追逐患者的表現。
腦幹出血昏迷多久能醒因人而異，需要根據具體病情來判斷。腦幹出血起病急，預後較差，經積極治療後，一旦生命體徵平穩，狀態良好，一般在2-4周左右可逐漸甦醒；如果生命體徵持續不能穩定，則甦醒的可能性不大。
腦幹出血手術以後會有一些併發症，這些併發症的危險期不太一樣。首先腦幹出血手術當天以及手術以後24-48小時以內是出血最危險的階段，過了手術以後2-3天，出血的概率就很小了，患者要進入腦幹水腫的危險期。腦幹水腫的危險期大概持續到1-2周，過了2周以後腦幹水腫就會慢慢消退，這個時候面臨的風險主要是顱內感染以及腦幹功能的衰竭，這個危險期大概是在1-3個月。