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臨床上腦幹出血的前兆症狀包括突發劇烈頭痛、血壓急劇升高、偏癱、語言障礙、感覺障礙，甚至出現昏迷，危及生命。若出現上述症狀，應立即口服降壓藥，控制血壓，減少出血；如口服藥物無明顯效果，應及時送醫院診治。送醫途中應注意讓患者平臥，如患者有嘔吐症狀，應去枕側臥，防止嘔吐物誤吸，引起肺部感染或窒息。
經過內科保守治療或者經過微創等手術方法之後能夠存活下來的患者，大部分都會在2周左右會醒。首先出現眼球活動，然後出現四肢有對刺激的反應能力，最後大部分患者會出現肢體的躲避反應，逐漸出現眼睛追逐患者的表現。部分患者可能會先對一些簡單的問答，包括指令性動作，能夠順利完成。之後經過一段時間，大約1-2個月左右，才能恢復到基本狀態，比如四肢能動、簡單問答這種狀態。
腦萎縮是影像學的名詞，一般指老年人到醫院做體檢，做CT、磁共振報告為腦萎縮，作為臨床醫生是關注是否功能障礙。腦萎縮最常見的症狀是記憶力減退、認知功能下降，有部分嚴重患者會有運動功能損失。腦萎縮理論從影像結構上解釋，不能採取任何方 法讓腦萎縮變成不萎縮。所以主要強調有沒有功能障礙，常見記憶力損害、減退，包括個別認知功能下降、反應慢，通過功能訓練還能恢復部分功能。但是一般要求早期診斷、治療。部分老人覺得年齡大、記性不好很正常，包括檢查片後提示有腦萎縮，也不在乎，等嚴重時再做治療或者康復訓練效果也不會好。所以強調早期康復，重點在認知、言語方面。腦萎縮正常的老人基本都有，但是要觀察有沒有記憶力的損害、認知功能的減退。如果沒有，一般不干預。每個人在隨著年齡的增加，器官都在老化，比如臉會長皺紋，大腦當然也會萎縮，部分情況是生理性改變，所以不需要治療，一旦出現臨床症狀，肯定需要治療。
腦幹出血手術以後會有一些併發症，這些併發症的危險期不太一樣。首先腦幹出血手術當天以及手術以後24-48小時以內是出血最危險的階段，過了手術以後2-3天，出血的概率就很小了，患者要進入腦幹水腫的危險期。腦幹水腫的危險期大概持續到1-2周，過了2周以後腦幹水腫就會慢 慢消退，這個時候面臨的風險主要是顱內感染以及腦幹功能的衰竭，這個危險期大概是在1-3個月。在此期間，因為腦幹出血的病人需要長期臥床，可能還會發生肺部感染、泌尿系感染以及營養不良、褥瘡等併發症。根據臨床經驗，這些併發症出現了以後，處理至平穩狀態的時間大概最長可能是5-6個月，也就是有的病人1-3個月處於平穩了，可以去做後期康復治療，但是有的病人需要5-6個月才能度過所有併發症的危險期，去做後續康復治療。
腦幹出血術後呼吸不平穩首先要排除氣道因素，檢查有無氣道梗阻表現，可對症使用呼吸機輔助呼吸。如果發生腦幹出血，且這些因素都已排查，還未好轉，可用些激素，針對腦幹出血呼吸不平穩的原因，做些處理措施。腦幹出血呼吸不平穩還來源於腦幹部位的血腫造成的對周圍組織、對呼吸中樞的壓迫。可以用些激素類的藥物進行處理。還有部分患者呼吸沒回來，療效也不會太好，很可能會死亡。
首先腦幹位於枕骨大孔的區域，一旦併發腦疝，就會出現呼吸和循環障礙。患者在短時間內會出現呼吸暫停、循環功能嚴重的改變以及生命體徵的變化，這種表現是較為危險的。患者出現這些情況不能緊張、慌張，要到有條件的醫院進行綜合治療。早發現、早治 療，患者在後期治療希望較大。因為腦幹出血併發腦疝後，患者首先會出現嚴重的生命體徵變化，後期會出現嚴重的神經功能和神經併發症等一系列的問題。所以在針對生命體徵變化的情況下，進行正規處理後，患者後期治療效果可觀。
腦幹大量出血的存活時間與出血量有關，大量腦幹出血是指出血量超過10ml，病情相對較兇險。據臨床數據統計顯示，若急性腦幹出血超過10ml，患者死亡率高達90%以上；若腦幹出血量達10-30ml，患者死亡率達到100%。部分患者會在急性大量腦幹出血的同時立即死亡，多數患者在未進行醫療干預的情況下死亡，甚至來不及送至醫院診治。
腦幹和脊索是兩個不同的部位，脊索瘤是生長於脊索部位的腫瘤，屬於先天性疾病，可導致顱骨破壞，脊索位於腦幹外側，而腦幹腫瘤是指生長於腦幹內或腦幹周圍的腫瘤，多是後天形成，危險性較高。脊索瘤和腦幹腫瘤均可通過手術治療，而兩個不同部位的腫瘤，性質不同， 手術方式及預後不同，而腦幹及其周圍腫瘤，不論良性、惡性，手術風險極高，預後極差。