橋本甲狀腺炎的治療依據甲狀腺功能分為以下三種情況:當甲功正常時，可以控制碘的攝入量；如果處於橋本甲炎的甲亢期，有明顯的心慌，怕熱，多汗症狀的甲亢表現，除低碘飲食，還需用B受體阻滯劑控制症狀，嚴重的甲亢需要用小劑量的抗甲狀腺藥物治療；如果處於橋本甲狀腺炎的甲減期，需要優甲樂長期替代治療。過氧化物酶抗體和甲狀腺球蛋白抗體明顯高時，可以口服硒酵母片。