橋本甲狀腺炎在治療方面並沒有特別新的進展。根據不同的表現，要進行不同的治療。在早期可能主要是甲狀腺功能亢進的表現，這時候主要以對症治療為主，注意休息，控制心率，減輕症狀。如果沒有臨床表現，甲狀腺功能也正常，則長期隨訪就可以。如果出現甲狀腺局部腫大，則需要局部的用藥進行治療。當發生甲狀腺功能減退時，則需要應用甲狀腺素製劑進行補充和替代治療，並且長期隨訪觀察。