橋本甲狀腺炎是不能自愈的，橋本甲狀腺炎屬於自身免疫性甲狀腺炎。橋本甲狀腺炎患者的甲狀腺過氧化物酶抗體和抗甲狀腺球蛋白抗體都具有固定補體和細胞毒作用，它參與甲狀腺細胞的損傷，直接導致甲狀腺細胞的凋亡，還有橋本甲狀腺炎浸潤的T淋巴細胞和B細胞表達釋放細胞因子，會導致甲狀腺細胞凋亡。最終橋本甲狀腺炎多數會出現甲狀腺功能減退症。