慢性腎盂腎炎比較難治，需要比較長時間的抗感染治療，才能有明顯的效果，同時必須去除引起反覆感染的誘因，抗菌藥物最少可選用兩種有效藥物聯合使用4周以上，如果症狀不明顯，尿菌陽性，可採用低劑量抗菌藥物抑菌療法，連續一年，可能消除菌尿。同時多飲水，促進排尿，使尿路沖洗，加速使細菌及炎性分泌物的排出。