腎臟萎縮怎麼治療需要根據不同的情況，進行不同的分析。如果腎臟萎縮是單個腎萎縮，需要區分是先天性還是後天性。如果先天性的腎臟萎縮，對側的腎臟有可能進行代償性的增大，病人血清肌酐很可能在正常範圍之內，不需要治療，只需要動態觀察。如果是後天性，有外傷性的和病理性。外傷性的腎萎縮是由於外傷造成的腎動脈，或者腎臟血管出現損害，而造成的腎臟供血不足，時間長了可能出現腎臟萎縮，這時候對側腎臟可能代償性的增大，使病人處在正常的生理狀態，也就是腎功能正常，只需要動態觀察，不需要治療。
如果是病理原因造成，例如某些傳染性疾病，特別是腎結核造成或者血管炎造成的腎動脈，或者腎靜脈出現狹窄，而造成的腎臟萎縮，這種萎縮可以伴有血中肌酐的升高，但是需要治療的目的是保護正常腎臟，而不是重點在已經萎縮的腎臟上。如果排除了單側腎臟萎縮的情況，就是雙側腎臟萎縮，雙側腎臟萎縮也有病理性原因存在，是腎動脈或者靜脈血管出現的異常，也有某些腎臟本身的疾病，例如腎小球、腎小管或者體內產生的抗體，造成的尿毒症而造成腎臟萎縮，所以不同的疾病只要分析對的原因，治療方案自然而然可以實現。