消化內科檢查主要分為消化道腔內檢查和消化道腔外的檢查。腔內的檢查主要包括胃鏡、小腸鏡、結腸鏡、膠囊內鏡等等。適用於檢查食管、胃、小腸或大腸是否存在黏膜的異常等相關疾病，比如糜爛、潰瘍、息肉、腫瘤等等。而消化道腔外的檢查主要是指肝臟、膽囊、胰腺、脾臟等等檢查，比如腹部的彩超、CT、磁共振等等，從而觀察上述器官是否存在炎症、腫瘤等等疾病。