大部分患者過了潛伏期之後，如果兩次核酸檢測陰性，基本上可以排除新型冠狀病毒感染，但是有少部分患者潛伏期比較長，可以超過20天以上。雖然過了14天檢測核酸為陰性，但是由於病毒的載量還沒有達到一定數量，可以出現假陰性的可能性，這時候容易出現漏診。
除了上述原因之外，還要排除其他產生假陰性的因素，包括樣品質量過差，比如樣品為口咽部的呼吸道標本，收集標本過早或者過晚，沒有正確的保存、運輸、處理標本，技術本身存在的原因，比如病毒變異、PCR抑制、試劑不合格、檢測儀器有問題等，都可以導致假陰性出現。如果患者有新型冠狀病毒的接觸史，需要反覆、多次檢查病毒核酸。