腸瘻的治療比較複雜，根據病情不同，主要有手術治療、局部引流、抗炎治療、營養支持等多種手段。如果患者是結直腸的低位腸瘻，在條件允許的情況下，可以選擇漏口修補、部分腸切除、近端腸道造瘻等的手術方式。
不能手術的患者，可以放置營養管，進行腸內或腸外的營養支持，同時保證漏口周圍的引流通暢。因腸瘻會引起腹膜炎，同時需行抗炎治療。腸瘻的形成原因、部位，以及每個患者的具體情況都不盡相同，因此醫生需要根據病情制定治療方案。