1、實驗室檢查：檢查白細胞是否升高，肝腎功能、電解質是否紊亂。
2、胃腸造影：對早期腸外瘻患者可口服或經胃管注入60%的泛影葡胺60～100ml，多能清楚顯示腸瘻情況。由於60%的泛影葡胺亦屬高滲液體，個別腸道功能好的患者檢查後會有短暫的腹脹與大便次數增多。腸道無運動功能的也可很快將造影劑吸收，腹脹症狀很快緩解。由於腸外瘻往往伴有炎性腸梗阻或腸粘連所致的不全梗阻，故臨床上不宜使用鋇劑進行消化道造影，鋇劑造影會加重消化道梗阻程度，使不全梗阻發展為完全性腸梗阻。
3、瘻管造影：當瘻管已經形成，可先行瘻管造影。瘻管直接造影較消化道造影更能瞭解瘻管的情況，瘻管所在腸段的情況。若不需瞭解其他腸襻的情況，如有無梗阻和器質性病變，則不再需要作全消化道造影。一次瘻管造影即能明確診斷，制定治療方案。
4、腹腔穿刺：抽出膽汁樣腸液，有時含有食物殘渣。
5、腹部平片檢查：有助於十二指腸外瘻的診斷，平片如顯示有腹腔大量積氣或液平多提示有腸瘻存在，通過腹平片還可提示有無合併的腸梗阻。但此檢查無法明確診斷。
6、CT檢查：是臨床診斷腸瘻尤其是腸瘻合併腹腔和盆腔膿腫的理想方法，應儘可能在患者口服造影后再進行CT檢查。