絕大多數人對於麻藥是耐受的，而且應用以後腎穿刺不會感覺疼痛，但是某些疼痛閾值比較異常的人即使應用了麻醉藥以後也會感到疼痛，但是這種疼痛會很輕。極少數人疼痛比較敏感，在穿刺完以後疼痛會持續很長時間，但是絕大多數人持續不超過兩個小時。腎穿刺後腎臟包膜的出血引起的疼痛是脹疼，這種脹疼可能持續很長時間，這是由於腎臟出血而造成的，需要血腫消失以後才能逐漸緩解消失。
腎穿刺在腎臟內科來說是一個有創操作，它可以有一定的併發症，這種併發症有腎穿刺過程中的併發症和腎穿刺後的併發症。腎穿刺過程中的併發症最主要的就是疼痛，這種疼痛是不可避免的，但是做腎穿刺以前需要應用麻醉藥來提前止疼，當然麻醉藥用量是有限度的，不能無限制地用。因為腎臟本身不能代謝藥物，應用過多的話容易造成很大的副作用，所以用量不要多。